タンパク質フォールディング: 配列が形をつくる
一列につながったアミノ酸の鎖が、物理の力だけで三次元の形へ畳まれていく——疎水性コアの形成をビーズ模型で探索します。畳みスライダを動かし、エネルギーの谷底にあるネイティブ構造と、コアが露出したミスフォールドを見比べます。
ひとつながりのビーズ
タンパク質は、アミノ酸というビーズを一列につないだ鎖です。この体験では性質を2種類に縮めます——水を嫌う疎水性(H、暖色)と、水と仲のよい親水性(P、寒色)。できたての鎖はこうして伸びきっていて、疎水性ビーズが水にさらされ、居心地の悪い状態です。まずは配列の並びを眺めてください。
暖色(H)と寒色(P)がどの順に並んでいるか、伸びきった鎖の上でたどる。
E=H-H接触 − 露出ペナルティ=6.0
Folding State
エネルギー6.0
コアの埋もれ17%
コンパクトさ0%